Zunächst wird der Zahn vollständig von Karies befreit und mit einer speziell in den Zahn eingeklebten
Kunststofffüllung bakteriendicht verschlossen. Auch alte Füllungen sollten ausgetauscht werden, damit nicht durch einen Spalt unter der alten Füllung Bakterien in den Zahn einwandern können. Die neue Füllung stabilisiert außerdem den Zahn und vermindert so das Risiko, dass der Zahn bei zu starker Belastung durchbricht.
Danach wird der Zahn mit einem Gummioperationstuch (Kofferdam) gegen Speichel abgedichtet, damit kein Mundspeichel (der Bakterien enthält) in den Zahn eindringen kann. Gleichzeitig wird das Verschlucken von Füllungsresten (Amalgam) und Desinfektionsflüssigkeiten absolut sicher verhindert. Unter örtlicher Betäubung wird die weitere Behandlung durchgeführt. Dadurch ist es heute in fast allen Fällen möglich, eine Wurzelkanalbehandlung ohne Schmerzen für den Patienten durchzuführen.
Anschließend werden die von Natur aus engen und gekrümmten Wurzelkanäle mittels kleiner Feilen und Bohrer gereinigt und mechanisch erweitert.
Zuerst erfolgt die Wurzelkanalerweiterung mit wiederholtem Reinigen und Desinfizieren. Für einen kurzen Zeitraum von ca. zwei Wochen wird der Zahn mit einem bakterienvernichteten Medikament gefüllt. In einer zweiten Sitzung werden die Wurzelkanäle endgültig abgedichtet (hierzu wird unter Verwendung einer Masse aus Guttapercha und eines selbsthärtenden dünnfließenden Versieglers ein bakteriendichter Verschluss hergestellt). Abschließend wird der Hohlraum im Zahn durch eine eingeklebte Kunststofffüllung verschlossen, so dass der Zahn wieder normalen Kaubelastungen standhält.
Wurzelbehandelte Zähne haben gegenüber unversehrten Zähnen ein höheres Risiko zu brechen und sollten daher in der Regel mit Kronen oder Teilkronen versehen werden, da diese die Zähne vor Belastung besser schützen. Die neu angefertigte Kunststofffüllung muss hierfür nicht wieder entfernt werden, sondern bleibt bestehen und dient in einem solchen Fall weiterhin als stabilisierendes Grundgerüst im Zahn.